Imali smo deset dana velikih vijesti o pandemiji u Hrvatskoj. Najprije je iz Klinike za infektivne bolesti “Dr. Fran Mihaljević” stigla vijest o izoliranju novog koronavirusa SARS-CoV-2, pa je istog tjedna stigla i vijest o uspješnom sekvenciranju genoma novog koronavirusa, donosi Večernji.hr.
Sekvenciranje genoma SARS-CoV-2 iznimno je važan znanstveni pothvat koji je ostvaren pod vodstvom dr. sc. Olivera Vugreka iz Laboratorija za naprednu genomiku na Institutu “Ruđer Bošković”, a u suradnji s izv. prof. Igorom Jurakom s Odjela za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci te prof. dr. sc. Tomislavom Rukavinom i dr. med. Nevenom Sučićem s Medicinskog fakulteta u Rijeci i Nastavnog zavoda za javno zdravstvo u Rijeci.
Kako je u svijetu već sekvencirano gotovo 12.000 genoma virusa SARS-CoV-2, znanstvenici svoj uspjeh ne smatraju senzacijom. Međutim, posebne su okolnosti u kojima se taj uspjeh dogodio, a riječ je potresu u Zagrebu. I to 23. travnja, baš tijekom postupka sekvenciranja, kada je instrument bio otprilike na pola puta u svom radu, koji ukupno traje 22 sata za određivanje genoma virusa.
Znanstvenici su se koristili tehnikom koja se naziva „sekvenciranje DNA nove generacije“ ili masivno paralelno sekvenciranje. Zapravo je riječ o vrlo sofisticiranoj metodi koji zahtijeva specifičnu opremu (u našem slučaju Illumina MiniSeq) i visokospecijalizirane stručnjake. Glavna karakteristika ove tehnologije je da omogućava istodobnu, ali iznimno osjetljivu analizu velikog broja uzoraka te se generira enormno velika količina podataka koju je moguće analizirati samo uz pomoć bioinformatičkih alata.
– Važno je naglasiti da je prvobitni virus koji je izoliran krajem 2019. u Kini i proširio se cijelim svijetom stigao do Hrvatske već znatno promijenjen, odnosno mutiran. Virus SARS-CoV-2, odnosno uzročnik bolesti COVID-19, mutira relativno brzo (iako manje od npr. virusa gripe) te je moguće uočiti male razlike u vrlo kratkom razdoblju. Na primjer, virus kojim je neka osoba zaražena neće nužno biti identičan virusima koje će prenijeti na novozaražene. Dakle, čitanje virusnog genoma (cjelokupnog nasljednog materijala sačinjenog od slova ACT/UG), a samim time i njegovih mutacija, omogućuje nam tehnika koja se naziva sekvenciranje – objašnjava nam dr. Vugrek.
Za definiranje broja prisutnihsojeva, a posebno njihove virulencije, potrebno je prikupiti i analizirati velik broj uzoraka uz prikupljanje i analizu epidemioloških i kliničkih podataka koji su vezani uz svaki pojedinačni slučaj infekcije. Takve studije zahtijevaju izniman vremenski angažman, a uz to su potrebni i znatni materijalni i financijski resursi. Međutim, treba naglasiti da su slična istraživanja i u svijetu novijeg datuma. Naime, prvi slučajevi infekcije u Kini pojavili su se unazad svega nekoliko mjeseci, odnosno potkraj 2019. godine, a u RH je prvi slučaj zabilježen 25. veljače ove godine – kaže prof. Rukavina. Tako, moguće je odrediti odakle je došao 21 virus čiji je genom sekvenciran.
Nakon što smo odredili genetski kod virusa, odnosno njih 21, jer za više nismo imali sredstava, možemo usporediti slijed svakog virusa međusobno i, naravno, sa svim postojećim genomima virusa u javnim bazama, kojih ima više od 12.000. Iako nismo imali prilike provesti detaljnu analizu, možemo sa sigurnošću zaključiti da je virus u Hrvatsku stigao u nekoliko navrata i da je najsličniji virusima sa sjevera Italije i Austrije, što ne iznenađuje. Međutim, uočili smo i postojanje virusa koji nisu došli tim putem, no za detaljnu analizu potrebno nam je još vremena. Virusi koji cirkuliraju u Hrvatskoj generalno odgovaraju šarenoj slicibrojnih sojeva kakva je zastupljena i širom Europe, za razliku od, primjerice, Australije ili Kine – opisuje dr. Vugrek.
Više pročitajte ovdje.